A história da Igreja Santa Luzia, iniciou com a bênção da pedra fundamental em 11 de fevereiro de 1955, que foi dedicada a Nossa Senhora dos Navegantes. Três anos depois, em 1958 iniciaram-se os alicerces da capela, em frente ao Hospital em Torres, agora chamada como Capela de Santa Luzia.

Segundo depoimentos de leigos da época, toda a construção da igreja foi custeada por uma família de Porto Alegre, bem como a doação da imagem de Santa Luzia. Seria uma forma de agradecimento a santa por uma graça alcançada e pela cura de um membro da família. Esta família pediu que seus nomes não fossem divulgados.

Em 22 de novembro de 1959, na igreja recém talhada e ainda inacabada, aconteceu a missa celebrada por Dom Benedito Zorzi, em honra a Semana Ruralista de Torres, patrocinada pela Diocese.

No dia 2 de fevereiro de 1960, com a igreja ainda não concluída, foi celebrada a festa em honra a Nossa Senhora dos Navegantes e também foi o dia das vocações. Durante o verão de 1963 as missas começaram a serem celebradas diariamente durante a temporada de veraneio, pois no resto do ano a igreja permanecia fechada. Até que no ano de 1965, mais precisamente no dia 4 de abril, pelo estado precário da capela da Honda onde as acontecia as missas no inverno, passou-se então a serem celebradas aos domingos na Igreja Santa Luzia.

Em 24 de fevereiro de 1966 aconteceu um tufão na cidade, que causou a morte de duas crianças. Por causa do tufão, o telhado da igreja foi prejudicado, no qual provocou um enorme prejuízo. Então, somente em 1967, as missas voltaram a ser diárias e três anos depois, em 8 de janeiro de 1970, foi iniciado a colocação do piso.

No ano de 1975, as missas das 18h eram animadas pelos jovens da Renovação Carismática e do Movimento do Emaús, assessorados pelos casais cursilhistas.

Entre 1980 e 1982 a maioria das celebrações já eram realizadas na Igreja Santa Luzia e não mais na Igreja Matriz São Domingos, pois era muito maior e mais central. Foi nesta época também que a Casa Paroquial e a Secretaria Paroquial foram para um novo endereço, atrás da Igreja Santa Luzia, onde antes funcionava o antigo prédio da Rádio Maristela.

Em 9 de outubro de 1984 reuniram-se pela primeira vez os membros da comissão paroquial para tratar da ampliação da Igreja Santa Luzia, onde foi decidido que convidariam mais 50 membros da comunidade para participarem das reuniões. E em 25 de outubro foi criada uma comissão para tratar desta ampliação, entre os participantes se manifestaram interessados: João Almeida, Caetano Magnus, Alvonir dos Santos, Pedro Cardoso Duarte, entre outros. Esta comissão iria se reunir com o engenheiro Ivo Rizzo.

A pedido do Padre Adelino Baumgaertner, o engenheiro Ivo Rizzo rebaixou em 2 metros a altura das paredes da “nave central” da Igreja e a ampliou, acrescentando-lhe dois braços laterais. Foi nesta época que todo o madeiramento do telhado foi renovado e assim construído a torre.

A partir de 2011 houve necessidade de realizar melhorias na igreja, como a pintura interna e externa das paredes, troca da iluminação fluorescentes para luzes amarelas e econômicas, além de luzes direcionadas no altar e também melhorias no som.

Também foi contratado o seminarista André Dimer que realizou um projeto de pintura sacra na parede atrás do altar. Este projeto foi aprovado pelo Bispo Dom Jaime Pedro Kohl e a comissão de arte sacra da Diocese.

No ano de 2014 a Igreja Santa Luzia começou a permanecer aberta todas as tardes de segunda à sexta-feira, a pedido do Padre Edson Bataglin sob orientação do Papa Francisco e do Documento 100 da CNBB.

Atualmente a Igreja Santa Luzia, no Centro, é onde se realizam a maior quantidade de missas no inverno e diariamente no verão. Além de atender os fiéis do Centro, também acolhe todos os paroquianos e a maioria dos turistas e veranistas (brasileiros, uruguaios e argentinos), bem como muitos fiéis das paróquias vizinhas de Vila São João e Passo de Torres-SC.

Muitas das atividades paroquiais são realizadas na Igreja Santa Luzia, como o Estudo Paroquial de Iniciação à Vida Cristã, Grupo de Oração Mãe de Deus, Grupo de Oração Exército do Amor de Cristo, Ultreyas do Cursilho, celebração do Crisma, missa dos pães de Santo Antônio e bênção da visão de Santa Luzia, Semana Santa, Corpus Christi, celebrações de Natal e Ano Novo, bem como as festas em honra a Nossa Senhora dos Navegantes, Nossa Senhora Aparecida e do padroeiro da Paróquia São Domingos.